description du poste

Mission Le C2VN est une unité mixte de recherche de plus de personnes, sous la triple tutelle d'Aix-Marseille Université, de l'INSERM et d'INRAE et se situe sur le Campus Universitaire de la Timone à Marseille. L'unité étudie les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement de la pathologie cardiovasculaire, la dysfonction endothéliale et la thromboinflammation.Rattaché à la Faculté des sciences médicales et paramédicales, au sein du C2VN, le bio-informaticien sera en charge en premier lieu du démultiplexage et de l'analyse de données de single cell RNA-seq et de l'analyse de données de single cell multiome de 10x Genomics (combinant l'accessibilité de la chromatine et l'expression des gènes) pour les projets menés au C2VN. Au-delà il développera les outils nécessaires aux travaux de bioinformatique du C2VN. Il devra prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter aux besoins des projets à venir et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projet. Il devra être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature.Activités principales :Développer des pipelines dédiés à l'analyse des données de single-cell RNA-seq générées au sein du C2VNConcevoir et optimiser de nouvelles méthodes d'analyse moléculaire et cellulaire.Rédiger des protocoles d'utilisation des outils et des méthodes mises en place/utilisées. Veiller au respect des principes d'accessibilité, d'interopérabilité et de portabilité des données et des outils.Interagir et apporter des conseils et un soutien technique aux chercheurs et ingénieurs du laboratoire.Adapter les applications informatiques aux besoins du projet.Diffuser et valoriser les résultats et les développements sous forme de rapports, de publications, de présentations orales et de formations.Assurer et organiser une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité et dans un contexte interdisciplinaire.Définir les procédures qualité et veiller à leur mise en œuvre et à leur respect.Positionnement hiérarchique : Sous l'autorité directe du professeur PE Morange, co-directeur du C2VN Profil Vous avez une expérience réussie en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou transcriptomiques, et à l'échelle single-cell. Vous avez un intérêt pour les questions biologiques.Vous maîtrisez la programmation dans différents environnements informatiques, ainsi que l'utilisation de logiciels spécifiques à l'activité.Enfin, vous êtes une personne organisée, avec une bonne capacité de communication et d'écoute et une aptitude au travail en équipe.Compétences clés :Maîtrise de la programmation en R, PYTHONMaîtrise des logiciels requis pour l'analyse de données génomiques et single cell (CellRanger, Seurat,monocle, Citeseq, ..) Compréhension pratique des méthodes mathématiques d'analyse de données multidimensionnelles (data normalisation, HTO Demux, quality control, clusterisation, t-SNE, UMAP, pseudotime, ...).Connaissance pratique des outils de conteneurisation (Docker, Singularity), gestionnaires de version (Github) et gestionnaires de workflow (Snakemake) souhaitée.Un processus de recrutement fluide et transparent :À réception de votre candidature, deux étapes : un échange téléphonique personnalisé avec les candidats sélectionnés, et un entretien avec les responsables de notre structure. En cas de réussite, nous mettrons tout en œuvre pour confirmer votre recrutement rapidement. À votre arrivée, vous bénéficiez d'un parcours d'accueil et d'intégration, ainsi que de formations adaptées à vos besoins pour favoriser votre développement professionnel.Rejoindre AMU, c’est bénéficier d’un environnement de travail socialement engagé :- Une flexibilité du travail : la possibilité de télétravailler jusqu'à 2 jours par semaine après seulement 6 mois d'ancienneté selon le service concerné- Un équilibre des temps de vie : bénéficiez jusqu'à 50 jours de congés dès la première année, puis 58 jours après un an- Une prime mensuelle et annuelle dès 12 mois d’ancienneté pour les agents non titulaires et application du RIFSEEP pour les titulaires- Un accompagnement personnalisé pour les personnels en situation de handicap- La prise en charge des transports en commun à hauteur de 75% compatible avec un forfait mobilité durable- La possibilité d’une place de parking ou d’un forfait mobilité durable pour l'utilisation de cycles sur les trajets domicile-travail- Un accès à des prestations dans différents domaines : loisir, sport, culture et social